Semasa Hidup Ismail Haniyeh Sering Bolak-balik Dipenjara oleh Israel

Ia secara resmi diperkenalkan kepada presiden Mahmoud Abbas pada 20 Februari dan dilantik pada 29 Maret 2006.

Reaksi Barat
Israel menerapkan serangkaian tindakan hukuman, termasuk sanksi ekonomi, terhadap Otoritas Palestina setelah pemilihan umum.

Perdana Menteri sementara Ehud Olmert mengumumkan bahwa Israel tidak akan mentransfer kepada Otoritas Palestina sekitar $50 juta per bulan dalam bentuk penerimaan pajak yang dikumpulkan oleh Israel atas nama Otoritas Palestina.

Haniyeh menolak sanksi tersebut, dengan menyatakan bahwa Hamas tidak akan melucuti senjata maupun mengakui Israel.

Haniyeh menyatakan penyesalannya bahwa Hamas menjadi sasaran tindakan hukuman, seraya menambahkan bahwa "Israel seharusnya menanggapi secara berbeda terhadap demokrasi yang ditunjukkan oleh rakyat Palestina".

Haniyeh: Barat Selalu Gunakan Sumbangannya untuk Beri Tekanan pada Rakyat Palestina
Amerika Serikat menuntut agar $50 juta dana bantuan luar negeri yang belum digunakan untuk Otoritas Palestina dikembalikan ke Amerika Serikat, dan Menteri Ekonomi Palestina Mazen Sonokrot menyetujuinya.

Mengenai hilangnya bantuan luar negeri dari Amerika Serikat dan Uni Eropa , Haniyeh berkomentar bahwa: "Barat selalu menggunakan sumbangannya untuk memberikan tekanan pada rakyat Palestina."

Beberapa bulan setelah kemenangan Hamas dalam pemilu 2006, Haniyeh mengirim surat kepada Presiden AS Bush , di mana ia meminta "pemerintah Amerika untuk melakukan negosiasi langsung dengan pemerintah terpilih", menawarkan gencatan senjata jangka panjang dengan Israel, sambil menerima negara Palestina dalam batas-batas tahun 1967 dan mendesak diakhirinya boikot internasional, dengan mengklaim bahwa hal itu akan "mendorong kekerasan dan kekacauan". Pemerintah AS tidak menanggapi dan mempertahankan boikotnya.

Perselisihan dengan Abbas
Kesepakatan dengan Abbas seharusnya dicapai untuk menghentikan seruan Abbas untuk pemilihan umum baru.

Pada tanggal 20 Oktober 2006, menjelang kesepakatan untuk mengakhiri pertikaian faksional antara Fatah dan Hamas, konvoi Haniyeh diserang di Gaza dan salah satu mobilnya dibakar.

Haniyeh tidak terluka dalam serangan itu. Sumber-sumber Hamas mengatakan bahwa ini bukan upaya pembunuhan. Sumber-sumber keamanan Otoritas Palestina melaporkan bahwa para penyerang adalah kerabat seorang anggota Fatah yang tewas dalam bentrokan dengan Hamas.

Ditolak masuk kembali ke Gaza
Selama konflik Fatah–Hamas yang sedang memanas , pada 14 Desember 2006, Haniyeh ditolak masuk ke Gaza dari Mesir di Perlintasan Perbatasan Rafah.

Perlintasan perbatasan ditutup atas perintah Menteri Pertahanan Israel , Amir Peretz.

Haniyeh kembali ke Gaza dari perjalanan resmi pertamanya ke luar negeri sebagai perdana menteri.

Ia membawa sekitar 30 juta USD dalam bentuk uang tunai, yang ditujukan untuk pembayaran Otoritas Palestina.